W programie „Czyste Powietrze” część kosztów inwestycji może zostać pokryta z wypłaconej wcześniej zaliczki, ale wykonawca musi również zaangażować własne środki, aby prowadzić prace do ich rozliczenia. Jeżeli kolejne płatności z Wojewódzkiego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej (WFOŚiGW) są opóźnione lub zostają wstrzymane, finansowanie inwestycji zaczyna obciążać firmę. Przy wielu nierozliczonych inwestycjach może to oznaczać konieczność sięgania po zewnętrzne finansowanie.