Nie milkną kontrowersje wokół Stref Czystego Transportu. Przykład Krakowa, gdzie regulacje stały się przedmiotem skarg i postępowań sądowych w Wojewódzkim Sądzie Administracyjnym, pokazuje skalę emocji towarzyszących tego typu zmianom. Niezależnie od sporów, SCT w Krakowie funkcjonuje i może przynieść korzyści zdrowotne wszystkim mieszkańcom. W ślad za Krakowem podążają Katowice, chcąc zapewnić mieszkańcom czystsze powietrze.