System kaucyjny nieoczekiwanie stał się wyzwaniem organizacyjnym dla Wojska Polskiego. Jednostki wojskowe zostały objęte takimi samymi zasadami jak pozostali uczestnicy systemu, co oznacza konieczność organizowania zbiórki opakowań i przekazywania ich operatorom. Resort obrony zapowiada zmiany, które mają wyłączyć część zakupów realizowanych przez wojsko spod systemu kaucyjnego.