Różnice w interpretacji przepisów, niespójne systemy rezerwacji i brak ujednoliconych procedur – to realia programu Czyste Powietrze w wielu województwach. Mimo wspólnego celu, jakim jest walka ze smogiem i poprawa efektywności energetycznej domów, beneficjenci napotykają zupełnie odmienne przeszkody – w zależności od miejsca zamieszkania. Program Czyste Powietrze okazuje się trudny w praktyce, dlatego liczba składanych wniosków rośnie zbyt wolno.